泳池凈化設備采用的消毒方式多種多樣，氯消毒和臭氧消毒是其中兩種主流方案。氯消毒是通過向水中投加含氯化合物，如次氯酸鈉或三氯異氰尿酸，釋放次氯酸分子。次氯酸分子體積小，能穿透微生物細胞壁，氧化細胞內的酶系統，使細菌和病毒失去活性。氯消毒的好處是持續作用時間長，水中保持一定的余氯濃度就能抑制水體在數小時內再次滋生微生物。

臭氧消毒則利用臭氧的強氧化性。臭氧發生器通過高壓放電或紫外線照射氧氣，使氧分子分解并重組為臭氧分子。將臭氧氣體通入接觸塔或射流器，與水充分混合后，臭氧能在一分鐘內殺滅絕大多數病原體，氧化速度比氯快數百倍。但臭氧在水中半衰期短，約10至30分鐘就分解為氧氣，沒有持續抑菌能力。因此，臭氧消毒通常需要配合少量氯來維持余氯。

兩種方法在副產物方面也有區別。氯與水中的有機物反應會產生三鹵甲烷和氯胺，后者是導致室內泳池刺激性氣味的主要來源。臭氧不會產生這類副產物，而且臭氧自身能夠分解部分氯胺，改善池邊空氣環境。然而臭氧本身對人體呼吸道有刺激，使用臭氧系統的泳池必須配備尾氣破壞裝置，確保池面附近臭氧濃度符合安全限值。

兩種設備在投入成本和使用成本上差異明顯。氯消毒的設備簡單，主要是投藥泵和余氯檢測儀，運行藥劑消耗連續但單價較低。臭氧消毒需要臭氧發生器、混合裝置、反應罐和尾氣處理器，初次投入高，長期運行中電耗也高于氯投加系統。因此小型泳池或私人泳池多采用氯消毒方案，而競賽場館或大型公共泳池選擇臭氧與氯結合的方式更為普遍。